CARTAS AL EDITOR

Comentario sobre artículo: análisis genómico comparativo de cepas peruanas de Mycobacterium tuberculosis

Comment on an article: comparative genomic analysis of peruvian strains of Mycobacterium tuberculosis

Pedro E. Romero^1,a

¹ Senckenberg Biodiversity and Climate Research Centre, Fráncfort del Meno, Alemania.
^a Biólogo, magíster en Biología Molecular.

Sr. Editor. En un artículo publicado recientemente en su revista, Tarazona et al. realizaron un análisis genómico comparativo en cepas peruanas de Mycobacterium tuberculosis ⁽¹⁾. La investigación aporta tres nuevos genomas de cepas de M. tuberculosis presentes en Perú que corresponden a una cepa sensible (INS-SEN), una multidrogorresistente (INS-MDR) y una extensamente resistente (INS-XDR). El artículo contribuye al avance sobre el conocimiento sobre la diversidad genómica de patógenos en Perú utilizando tecnologías de secuenciamiento genómico masivo y análisis bioinformáticos.

El artículo presenta un filograma (Figura 3 de Tarazona et al.) que indica las relaciones filogenéticas entre las cepas secuenciadas y las cepas de diferentes localidades. Esta figura presenta detalles que merecen ser discutidos.

Primero, no se especifica la escala de divergencia genética. Segundo, en la metodología no se detalla qué procedimiento se utilizó para evaluar el soporte de los nodos o de las ramas del árbol. Usualmente, los árboles de maximum likelihood son evaluados mediante un análisis de bootstrap (remuestreo de árboles reemplazando caracteres en la matriz de datos). Este análisis produce valores entre 0 a 100, considerándose, generalmente, que los valores mayores a 70 proporcionan un soporte significativo ⁽²⁾.

Empero, todos los nodos en el filograma presentado por Tarazona et al. poseen valores menores a 1. Esto podría ocurrir por diferentes casos: que los autores no hayan realizado el análisis de bootstrap para evaluar los nodos, y los valores mostrados correspondan a probabilidades (probabilidad posterior); hipótesis poco probable, ya que utilizaron un programa (FastTree) que reconstruye los árboles utilizando maximum likelihood ⁽³⁾; que los valores sí representen el soporte de bootstrap, pero en proporciones que van de 0 a 1, error inusual en estudios filogenéticos; que los valores indiquen soportes de rama y no de nodo, o que los valores no representen soporte de nodo/rama, y no se especifique en la leyenda su significado.

Observando en detalle el filograma, ninguno de los valores es mayor a 0,4 o 40%. Es decir, según su propia figura, ninguno de los nodos/ramas está soportado estadísticamente. Esto puede llevar a conclusiones erróneas sobre las relaciones filogenéticas entre los linajes de M. tuberculosis. Sin un soporte claro de los nodos/ramas, no se puede establecer claramente si las cepas INS están más relacionadas a las cepas sudafricanas, o a las cepas F11 (Uruguay) o C7R1 (Rusia), ni tampoco establecer hipótesis sobre expansiones geográficas de las cepas.

REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS

1. Tarazona D, Galarza M, Lévano KS, Guio H. Análisis genómico comparativo de cepas peruanas de Mycobacterium tuberculosis. Rev Peru Med Exp Salud Publica 2016;33(2):256–63. doi: 10.17843/rpmesp.2016.332.2192.

2. Soltis PS, Soltis DE. Applying the bootstrap in phylogenetic reconstruction. Statist Sci 2003;18(2):256-67. doi:10.1214/ss/1063994980.

3. Price MN, Dehal PS, Arkin AP. FastTree: computing large minimum evolution trees with profiles instead of a distance matrix. Mol Biol Evol 2009;26(7):1641-50. doi: 10.1093/molbev/msp077.

Correspondencia: Pedro E. Romero
Senckenberg Biodiversity and Climate Research Centre Senckenberganlage 25, 60325 Frankfurt am Main Germany
Teléfono: +49 (0)69 7542 1830
kypppu@gmail.com

Recibido: 24/08/2016
Aprobado: 07/09/2016