Uso de genomas de SARS-CoV-2 para la estimación del número reproductivo efectivo (Rt) en Perú durante marzo y abril del 2020

Pedro E. Romero; Milagros Sánchez-Yupari; Stephanie Montero; Pablo Tsukayama

doi:10.17843/rpmesp.2021.382.6417

Autores/as

Pedro E. Romero Departamento de Ciencias Biológicas y Fisiológicas. Facultad de Ciencias y Filosofía. Universidad Peruana Cayetano Heredia http://orcid.org/0000-0001-9947-3868
Milagros Sánchez-Yupari Facultad de Ciencias y Filosofía. Universidad Peruana Cayetano Heredia https://orcid.org/0000-0003-2113-0253
Stephanie Montero Unidad de Investigación en Enfermedades Emergentes y Cambio Climático. Universidad Peruana Cayetano Heredia. https://orcid.org/0000-0002-8147-8318
Pablo Tsukayama Departamento de Ciencias Celulares y Moleculares. Facultad de Ciencias y Filosofía. Universidad Peruana Cayetano Heredia https://orcid.org/0000-0002-1669-2553

DOI:

https://doi.org/10.17843/rpmesp.2021.382.6417

Palabras clave:

Análisis Bayesiano, Bases de Datos de Ácidos Nucleicos, COVID-19, Epidemiología Molecular, Filogenómica, Genómica, Modelos Epidemiológicos, Perú, SARS-CoV-2, Vigilancia

Resumen

La comprensión de la enfermedad por coronavirus (COVID-19) provocada por el coronavirus de tipo 2 (SARS-CoV-2) causante de síndrome respiratorio agudo severo, utilizando un enfoque multidisciplinario, es esencial para mejorar la toma de decisiones basadas en evidencia. Se estimó el número reproductivo efectivo (Rt) en Perú a partir de 113 genomas completos generados por el Instituto Nacional de Salud (INS) del Perú almacenados en la base de datos pública GISAID. La tendencia mostrada por el Rt durante marzo y abril del 2020 fue similar a otras estimaciones epidemiológicas. El Rt disminuyó considerablemente durante la primera quincena de marzo, alcanzando su menor valor la semana posterior al inicio de la cuarentena, pero aumentó moderadamente desde la quincena de abril. Se discute las implicancias de las medidas tempranas tomadas para mitigar la transmisión. La vigilancia genómica será una herramienta necesaria para conocer la transmisión y evolución del virus, complementando la información epidemiológica.