Detección de Streptococcus pneumoniae en líquidos estériles mediante una PCR en tiempo real (qPCR) en pacientes hospitalizados con sospecha de enfermedad neumocócica invasiva
DOI:
https://doi.org/10.17843/rpmesp.2025.421.14390Palabras clave:
Streptococcus pneumoniae, qPCR, enfermedad neumocócica invasiva, neumonía, meningitis, métodos molecularesResumen
El estándar para diagnosticar enfermedad neumocócica invasiva (ENI) es aislar neumococo en cultivo. Sin embargo, en algunos pacientes, sobre todo los que recibieron terapia antibiótica empírica, no se logra identificar el agente etiológico. El objetivo de este estudio fue detectar neumococo en líquidos normalmente estériles mediante qPCR en pacientes con sospecha de ENI hospitalizados en Lima. La qPCR tuvo un límite de detección de 1,2 x 101 copias del genoma/uL. De las 71 muestras clínicas (51 de líquido pleural [LP] y 20 de líquido cefalorraquídeo [LCR]), el 29,4% (28/71) fueron positivas para neumococo por cultivo y 71,8% (51/71) fueron positivas por qPCR, incluyendo 78,4% (40/51) en LP y 55,0% (11/20) en LCR. De las muestras positivas, 13/51 fueron del serotipo 19A. La detección de neumococo fue casi el doble por qPCR en comparación con el método microbiológico convencional. Por lo tanto, se debe implementar métodos moleculares como esta qPCR para mejorar la identificación y tratamiento oportuno de ENI en Perú y en la región.
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Referencias
GBD 2016 Lower Respiratory Infections Collaborators. Estimates of the global, regional, and national morbidity, mortality, and aetiologies of lower respiratory infections in 195 countries, 1990-2016: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2016. Lancet Infect Dis. 2018;18(11):1191–210. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30310-4.
van de Beek D, Brouwer MC, Koedel U, Wall EC. Community-acquired bacterial meningitis. Lancet. 2021;398(10306):1171–83. doi: 10.1016/S0140-6736(21)00883-7.
Janssens E, Flamaing J, Vandermeulen C, Peetermans WE, Desmet S, De Munter P. The 20-valent pneumococcal conjugate vaccine
(PCV20): expected added value. Acta Clin Belg. 2023;78(1):78–86. doi: 10.1080/17843286.2022.2039865.
Tansarli GS, Chapin KC. Diagnostic test accuracy of the BioFire® FilmArray ® meningitis/encephalitis panel: a systematic review and meta-analysis. Clin Microbiol Infect. 2020;26(3):281–90. doi: 10.1016/j.cmi.2019.11.016.
Carnalla-Barajas MN, Soto-Noguerón A, Martínez-Medina L, Olvera-Herrera ME, Mosqueda-Gómez JL, Rodríguez-Cortez P, et al. Diagnosis of bacterial meningitis caused by Streptococcus pneumoniae, Neisseria meningitidis, and Haemophilus influenzae using a multiplex real-time PCR technique. Braz J Microbiol. 2022;53(4):1951–8. doi: 10.1007/s42770-022-00826-x.
Butler M, Breazeale G, Mwangi E, Dowell E, Dominguez SR, Lamberth L, et al. Development and validation of a multiplex real-time PCR assay for detection and quantification of Streptococcus pneumoniae in pediatric respiratory samples. Microbiol Spectr. 2023;11(6):e0211823. doi: 10.1128/spectrum.02118-23.
Marimuthu S, Damiano RB, Wolf LA. Performance characteristics of a Real-Time PCR assay for direct detection of Streptococcus pneumoniae in clinical specimens. J Mol Diagn. 2024;26(7):552–62. doi: 10.1016/j.jmoldx.2024.03.009.
Ho EC, Olson KE, Butler M, Birkholz M, Miller K, MacBrayne CE, et al. Clinical impact of pleural fluid Streptococcus pneumoniae polymerase chain reaction testing in children with complicated pneumonia. Clinical Infectious Diseases. 2024;ciae439. doi: 10.1093/cid/ciae439.
Davalos L, Terrazas Y, Quintana A, Egoavil M, Sedano K, Castillo ME, et al. [Epidemiological, clinical and bacteriological characteristics of pneumococcal meningitis in pediatric patients in Lima, Peru]. Rev Peru Med Exp Salud Publica. 2016;33(3):425–31. doi: 10.17843/rpmesp.2016.333.2349.
Greve T, Møller JK. Accuracy of using the lytA gene to distinguish Streptococcus pneumoniae from related species. J Med Microbiol. 2012;61(Pt 4):478–82. doi: 10.1099/jmm.0.036574-0.
Nagai K, Shibasaki Y, Hasegawa K, Davies TA, Jacobs MR, Ubukata K, et al. Evaluation of PCR primers to screen for Streptococcus pneumoniae isolates and beta-lactam resistance, and to detect common macrolide resistance determinants. J Antimicrob Chemother. 2001;48(6):915–8. doi: 10.1093/jac/48.6.915.
da Gloria Carvalho M, Pimenta FC, Jackson D, Roundtree A, Ahmad Y, Millar EV, et al. Revisiting pneumococcal carriage by use of broth enrichment and PCR techniques for enhanced detection of carriage and serotypes. J Clin Microbiol.2010;48(5):1611–8. doi: 10.1128/JCM.02243-09.
Ochoa TJ, Del Águila O, Reyes I, Chaparro E, Castillo ME, Campos F, et al. Streptococcus pneumoniae serotype 19A in hospitalized children with invasive pneumococcal disease after the introduction of conjugated vaccines in Lima, Peru. J Infect Public Health. 2024;17(1):44–50. doi: 10.1016/j.jiph.2023.10.047.
de Souza MB, de Carvalho E, Cergole-Novella MC, Molinari DA, Colpas DR, dos Santos Carmo AM, et al. Multiplex PCR to Streptococcus pneumoniae serotype identification directly in cerebrospinal fluid samples. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2023;42(3):255–66. doi: 10.1007/s10096-023-04547-3.
Ikken Y, Benaouda A, Yaich LI, Hilali F, Sekhsokh Y, Charof R. Simultaneous detection of Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae and Haemophilus influenzae by quantitative PCR from CSF samples with negative culture in Morocco. Acta Microbiol Immunol Hung. 2021;68(2):107–12. doi: 10.1556/030.2021.01344.
Dunne EM, Mantanitobua S, Singh SP, Reyburn R, Tuivaga E, Rafai E, et al. Real-time qPCR improves meningitis pathogen detection in invasive bacterial-vaccine preventable disease surveillance in Fiji. Sci Rep. 2016;6:39784. doi: 10.1038/srep39784.
Arafa ZAA, Gabr MS, Kamel EM, ElMasry SA, Fahim NA. Cerebrospinal fluid lactate as a differential biomarker for bacterial and viral meningitis. Egypt J Immunol. 2023;30(3):148–61. doi: 10.55133/eji.300315.
Sanz JC, Ríos E, Rodríguez-Avial I, Ramos B, Marín M, Cercenado E. Identification of Streptococcus pneumoniae lytA, plyA and psaA genes in pleural fluid by multiplex real-time PCR. Enferm Infecc Microbiol Clin (Engl Ed). 2018;36(7):428–30. doi: 10.1016/j.eimc.2017.
Harris AM, Bramley AM, Jain S, Arnold SR, Ampofo K, Self WH, et al. Influence of antibiotics on the detection of bacteria by culture-based and culture-independent diagnostic tests in patients hospitalized with community-acquired pneumonia. Open Forum Infect Dis. e2017;4(1):ofx014. doi: 10.1093/ofid/ofx014.
Sadowy E, Hryniewicz W. Identification of Streptococcus pneumoniae and other Mitis streptococci: importance of molecular methods. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2020;39(12):2247–56. doi: 10.1007/s10096-020-03991-9.
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