Detection of SARS-CoV-2 variants in hospital wastewater in Peru, 2022

Pool Marcos-Carbajal; José Yareta-Yareta; Miguel Otiniano-Trujillo; Marco Galarza- Pérez; Abraham Espinoza-Culupu; Jorge L. Ramirez-Melgar; Mario Chambi-Quispe; Néstor Alejandro Luque-Chipana; Rosmery Gutiérrez Ajalcriña; Víctor Sucñer Cruz; Segundo Nicolas López Chegne; Diana Santillán Ruiz; Luis Felipe Segura Chavez; Cinthia Esther Sias Garay; Alberto Salazar Granara; Pablo Tsukayama Cisneros; Silvana Teresa Tapia Paniagua; Carmen María González-Domenech

doi:10.17843/rpmesp.2024.412.13484

Autores/as

Pool Marcos-Carbajal Universidad Peruana Unión, Escuela Profesional Medicina, Laboratorio de Investigación en Biología Molecular. Lima, Perú. https://orcid.org/0000-0002-7741-0337
José Yareta-Yareta Universidad Peruana Unión, Escuela Profesional Medicina, Laboratorio de Investigación en Biología Molecular. Lima, Perú. https://orcid.org/0000-0002-8909-1724
Miguel Otiniano-Trujillo Universidad Peruana Unión, Escuela Profesional Medicina, Laboratorio de Investigación en Biología Molecular. Lima, Perú https://orcid.org/0000-0002-8989-6637
Marco Galarza- Pérez Instituto Nacional de Salud, Centro Nacional de Salud Pública, Laboratorio de Biotecnología y Biología molecular. Lima, Perú. https://orcid.org/0000-0002-6547-2354
Abraham Espinoza-Culupu Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Facultad de Ciencias Biológicas. Lima, Perú https://orcid.org/0000-0002-5553-6385
Jorge L. Ramirez-Melgar Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Facultad de Ciencias Biológicas. Lima, Perú https://orcid.org/0000-0001-8138-9203
Mario Chambi-Quispe Hospital Carlos Monge Medrano, Patología Clínica. Puno, Perú https://orcid.org/0000-0003-3303-2087
Néstor Alejandro Luque-Chipana Universidad Peruana Unión, Escuela Profesional Medicina, Laboratorio de Investigación en Biología Molecular. Lima, Perú. Hospital de Ate Vitarte, Unidad de Cuidados Intensivos. Lima, Perú. https://orcid.org/0000-0002-6192-4392
Rosmery Gutiérrez Ajalcriña Hospital de Huaycan, Área de Epidemiología. Lima, Perú https://orcid.org/0000-0001-8237-6092
Víctor Sucñer Cruz Hospital Regional del Cusco, Patología Clínica. Cusco, Perú. https://orcid.org/0009-0009-5302-8502
Segundo Nicolas López Chegne Hospital Regional de Cajamarca, Patología Clínica. Cajamarca, Perú. https://orcid.org/0000-0001-6480-1235
Diana Santillán Ruiz Hospital de Tarapoto, Departamento de Anatomía Patológica y Patología Clínica. Tarapoto, Perú. https://orcid.org/0009-0009-8982-9539
Luis Felipe Segura Chavez Universidad Peruana Unión, Escuela Profesional Medicina, Laboratorio de Investigación en Biología Molecular. Lima, Perú https://orcid.org/0000-0002-1665-4733
Cinthia Esther Sias Garay Universidad Peruana Unión, Escuela Profesional Medicina, Laboratorio de Investigación en Biología Molecular. Lima, Perú https://orcid.org/0009-0006-1099-1620
Alberto Salazar Granara Universidad San Martin de Porres, Centro de Investigación en Medicina Tradicional y Farmacología. Lima, Perú. https://orcid.org/0000-0003-1996-3176
Pablo Tsukayama Cisneros Universidad Peruana Cayetano Heredia, Laboratorio de Genómica Microbiana. Lima, Perú. https://orcid.org/0000-0002-1669-2553
Silvana Teresa Tapia Paniagua Universidad de Málaga, Departamento de Microbiología, Facultad de Ciencias. Málaga, España. https://orcid.org/0000-0002-3656-5009
Carmen María González-Domenech Universidad de Málaga, Departamento de Microbiología, Facultad de Ciencias. Málaga, España. https://orcid.org/0000-0001-8248-3904

DOI:

https://doi.org/10.17843/rpmesp.2024.412.13484

Palabras clave:

Genómica, SARS-CoV-2, Aguas residuales, Secuenciación, Monitoreo epidemiológico basado en aguas residuales

Resumen

Objetivo. Identificar la presencia del virus SARS-CoV-2 en aguas residuales de hospitales en Perú. Materiales y métodos. Se recolectaron muestras de agua en los efluentes de nueve hospitales del Perú durante marzo y septiembre de 2022 y se realizó la identificación de SARS-CoV-2 mediante secuenciación Illumina. Las asignaciones de variantes, linajes y clados se llevaron a cabo con las herramientas Illumina y Nextclado. Verificamos si las variantes de SARS-CoV-2 obtenida de las aguas residuales fueron similares a las reportadas por el Instituto Nacional de Salud del Perú procedentes
de pacientes durante el mismo período y región. Resultados. Dieciocho de las 20 muestras de aguas residuales hospitalarias (90%) proporcionaron secuencias con la calidad suficiente para ser clasificadas como variante Ómicron según la clasificación de la OMS. Entre ellos, seis (30%) fueron asignados por Nextclade a los clados 21K linaje BA.1.1 (n=1), 21 L linaje BA.2 (n=2) y 22B linajes BA.5.1 (n=2) y BA.5.5 (n=1). Conclusiones. Se encontraron variantes del SARS-CoV-2 en muestras de aguas residuales hospitalarias y que fueron similares a las reportadas por el sistema de vigilancia en pacientes durante las mismas semanas y áreas geográficas. El monitoreo de aguas residuales podría proporcionar información sobre la variación ambiental y temporal de virus como el SARS-CoV-2.

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