Diversidad genómica de Escherichia coli uropatógena en aislados clínicos de seis países de Latinoamérica, 2018-2023

Francesca Caballero; Anne Martinez-Ventura; Diego Cuicapuza Arteaga; Alex Fajardo-Loyola; Rosmery Gutierrez-Ajalcriña; Javier Soto-Pastrana; Percy Asmat-Marrufo; Evelyn Barco-Yaipen de Vera; Henry Meza-Fernandez; Mario Chambi-Quispe; Jimena Pino-Dueñas; Nicomedes Laura-Rivas; Alexander Briones-Alejo; Pilar Diaz-Rengifo; Carlos Peralta-Siesquen; Guillermo Salvatierra; Pablo Tsukayama Cisneros; Pool Marcos Carbajal

doi:10.17843/rpmesp.2025.422.14299

Autores/as

Francesca Caballero Universidad Peruana Cayetano Heredia, Laboratorio de Genómica Microbiana, Lima, Perú https://orcid.org/0009-0001-7241-4136
Anne Martinez-Ventura Universidad Peruana Cayetano Heredia, Laboratorio de Genómica Microbiana, Lima, Perú. https://orcid.org/0009-0008-5271-4319
Diego Cuicapuza Universidad Peruana Cayetano Heredia, Laboratorio de Genómica Microbiana, Lima, Perú. Facultad de Medicina, Universidad Peruana Cayetano Heredia, Lima, Perú https://orcid.org/0000-0002-5735-4614
Alex Fajardo-Loyola Instituto Nacional de Salud, Centro Nacional de Salud Pública, Laboratorio de Biotecnología y Biología molecular, Lima, Perú https://orcid.org/0000-0002-8162-1321
Rosmery Gutierrez-Ajalcriña Hospital de Huaycán, Área de Epidemiología, Lima, Perú. https://orcid.org/0000-0001-8237-6092
Javier Soto-Pastrana Hospital Nacional Docente Madre Niño San Bartolomé, Departamento de Patología Clínica, Área de Microbiología, Lima, Perú. https://orcid.org/0000-0001-9534-5746
Percy Asmat-Marrufo Laboratorio de Referencia Regional Salud Pública, Servicio de microbiología, Trujillo, La Libertad, Perú https://orcid.org/0000-0003-3377-6713
Evelyn Barco-Yaipen de Vera Hospital JAMO, Área de microbiología, Tumbes, Perú https://orcid.org/0000-0003-3303-2087
Henry Meza-Fernandez Hospital Alberto Sabogal Sologuren, Departamento de Patología Clínica, Servicio de Microbiología, Bellavista, Callao, Perú https://orcid.org/0000-0003-4973-7794
Mario Chambi-Quispe Hospital Carlos Monge Medrano, Patología Clínica, Puno, Perú https://orcid.org/0000-0003-3303-2087
Jimena Pino-Dueñas Hospital Regional del Cusco, Patología Clínica, Cusco, Perú https://orcid.org/0000-0003-4563-5459
Nicomedes Laura-Rivas Laboratorio de Referencia Regional de Salud Pública Huancavelica, Servicio de microbiología, Huancavelica, Perú https://orcid.org/0000-0002-6413-3270
Alexander Briones-Alejo Hospital Regional de Loreto, Servicio de microbiología, Iquitos, Perú https://orcid.org/0000-0003-4849-6466
Pilar Diaz-Rengifo Laboratorio de Referencia Regional Salud Pública San Martín, Servicio de Microbiología, Tarapoto, Perú https://orcid.org/0000-0002-0929-4602
Carlos Peralta-Siesquen IPRESS Jorge Chávez, Área de microbiología, Madre de Dios, Perú https://orcid.org/0000-0002-9605-8324
Guillermo Salvatierra Universidad Peruana Cayetano Heredia, Laboratorio de Genómica Microbiana, Lima, Perú https://orcid.org/0000-0002-6887-2599
Pablo Tsukayama Universidad Peruana Cayetano Heredia, Laboratorio de Genómica Microbiana, Lima, Perú. Instituto de Medicina Tropical Alexander von Humboldt, Universidad Peruana Cayetano Heredia, Lima, Perú https://orcid.org/0000-0002-1669-2553
Pool Marcos-Carbajal Universidad Peruana Cayetano Heredia, Laboratorio de Genómica Microbiana, Lima, Perú. Universidad Peruana Unión, Escuela Profesional Medicina, Laboratorio de Investigación en Biología Molecular, Lima, Perú https://orcid.org/0000-0002-7741-0337

DOI:

https://doi.org/10.17843/rpmesp.2025.422.14299

Palabras clave:

Escherichia coli, Uropatógeno, UPEC, Resistencia Bacteriana, Epidemiología Molecular

Resumen

Objetivo. Caracterizar genéticamente aislados clínicos de Escherichia coli uropatógena (UPEC) provenientes de hospitales en Perú y contextualizarlos frente a 127 genomas adicionales de UPEC reportados en seis países de Latinoamérica entre 2018 y 2023. Materiales y métodos. Se secuenciaron y ensamblaron los genomas de 16 aislados peruanos de UPEC y se complementaron con 127 genomas disponibles en la base de datos pública del NCBI. Se identificaron serotipos, secuenciotipos (ST), genes de resistencia antimicrobiana
(RAM) y mutaciones asociadas a resistencia. Asimismo, se realizó un análisis filogenético para determinar relaciones evolutivas y distribución en filogrupos. Resultados. El clon ST131 fue el más prevalente (42,7%), seguido de ST1193 (13,3%). El filogrupo B2 predominó
ampliamente (83.2%), destacando el serotipo O25:H4. Se identificaron con alta frecuencia los genes de resistencia blaTEM-1, blaCTX-M-15 y blaCTX-M-27, así como mutaciones en gyrA y parC asociadas a resistencia a fluoroquinolonas, especialmente en el clon ST131. Conclusión. Los hallazgos evidencian una alta circulación de clones de UPEC de alto riesgo, como ST131 y ST1193, en Latinoamérica, junto con una notable carga de genes y mutaciones vinculadas a resistencia a múltiples antimicrobianos, lo que resalta la necesidad de fortalecer la vigilancia genómica regional.

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